Noch immer gelingt es nicht, mit bildgebenden oder labordiagnostischen Methoden einen Autismusverdacht zu sichern. Dennoch ist es insbesondere bei Menschen mit geistiger Behinderung notwendig, durch eine umfassende körperliche und neurologische Untersuchung und ggf. ergänzender Verfahren (EEG, cMRT, genetische Diagnostik) klinisch u. U. ähnlich imponierende Störungsbilder wie z. B. eine Gehörlosigkeit oder einen bestimmten genetischen Verhaltensphänotypen (z. B. Fragiles X Syndrom; Rett Syndrom) auszuschließen. Generell wächst die diagnostische Herausforderung mit dem Schweregrad der geistigen Behinderung.